联怀着继续分裂中国的目的，首先在新疆扶植一个盛世才为首的极端亲苏政权，确立了自己在新疆的势力范围。二战后期盛世才在国家民族的整体利益面前从亲苏转向效忠中国中央政府。使苏联大为恼火，特别是412盛世才在新疆驱逐亲苏份子。当时正直1944年抗战开始进入反攻阶段，中国极度缺乏运输工具，盛世才在新疆少数民族中展开献马运动，在具体操作上有些强制性，引起少数民族的不满。1944年乌拉斯台少数民族开始暴动，苏联内务人民委员部迅速组织大批人员赶往阿拉木图指导暴动，训练暴动人员，由苏联内务人民委员（即内务部部长）贝里亚亲自坐镇指挥，伊犁革命组织就是这时候由苏联驻伊犁领事馆牵线，联系当地民族宗教势力和苏联人员建立起来的。
抗战中国军绝大部分都在内地与日军作战，在新疆基本上没有正规部队，暴动游击队取得了一些胜利。中国政府也紧急从抗日前线抽调部队，当时正直日军集中50万以上的军队向国军发起了日本历史上最大的攻势，一号作战就是豫湘桂大会战，而在另一条战线云南南部，缅甸，国军则在对日军进行反攻，国军只好派遣了一些由甘肃，陕西民团组成的三，四流部队，派遣朱绍良将军带领穿越几千里大沙漠赶往新疆。另一方面，伊犁解放组织得到了苏联军火、人员的援助，1944年11月7日夜（这天也是苏联十月革命纪念日）突然在伊宁发起新的暴动。从苏联派遣回来的交通专家列斯肯带领一个经过精心训练的游击队在果子沟切断了进入伊犁的唯一公路——迪（迪化，今天的乌鲁木齐）伊（伊犁）公路，以组织国军进入。当天，伊犁解放组织领导人阿巴索夫，和苏联军事顾问彼得·罗曼诺维奇·阿列克山德洛夫也带领武装人员进入了伊犁市区。他们首先切断了伊犁河大桥的交通，国民党伊宁当局派遣一个排的兵力试图重新夺回大桥，未出城即遭武装人员伏击。当天夜里，巩哈暴动游击队主力赶到伊宁城，开始进攻驻守市区的少量国民党守军。暴动很快取得了胜利，大批汉族人和国民党军队被迫撤退到惠远老城和艾林巴克飞机场，暴动部队（内中包括有从苏联赶来的身穿军装的苏联正规军，特别是来自哈萨克共和国的部队冒充民族军和数十架苏军飞机以及大批从苏联运来的火炮），在苏联军事总顾问科兹洛夫的统一指挥下，在绝对优势下和守卫城市的少量国军战斗将近2个月直到到12月31日终于将这里的国民党守军歼灭，中国守军长官陈伯良、高炜在惠远城破时互相射击自杀成仁。城里的汉族人遭到屠城。伊犁郊县汉族官民纷纷向外逃亡，巩留、新源、特克斯等地人民也向焉耆撤退，至玉尔都斯山被暴动军追上，生抵焉耆者只余三十多人；昭苏官民企图翻越冰达坂退往阿克苏，正值寒冬，冻死饿死无数，最后抵达者只有十余人。整个伊犁地区只有艾林巴克飞机场的国军中央航空分校教导队还在死守，有军队和从伊犁城里逃亡出来的老百姓共8000人。
1944年11月12日，暴动军就迫不及待的成立了“东突厥斯坦共和国”，艾力汗·吐烈成为“政府主席”，阿奇木伯克为副主席，规定的国旗是绿地、中间是黄色星月标志的带有明显伊斯兰教标志的旗帜。
1945年2月，伊犁伪政府发布兵役法，规定20—22岁“公民”要应征入伍，服役三年，在目前总动员时期，23—44岁“公民”也要入伍。
从1944年11月9日，联合暴动军开始围攻艾林巴克机场，国军利用机场的飞机用机关枪拼命抵抗，由于国军抵抗顽强，暴动军长时间无法攻下，苏联决定加派力量，苏联红军军官，吉尔吉斯人伊斯哈克伯克在苏联红军军官亚历山大（化名斯坎达尔）、伊万 雅科夫列维奇鲍里诺夫的陪同下，带领一营苏军骑兵从苏联入境，加入围攻艾林巴克机场的战斗，国军的空军机场教导队奋起反击，使用从飞机上卸装下来的航空机枪不断准确的远距离射杀对方。从1944年11月一直打到1945年元月10日，国军派来的援军第45师和预备役第7师终于穿越千里沙漠赶到艾林巴克，其中谢义锋将军第45师一个团冒着冬季的严寒跨越高耸入云的几千米，布满冰川，积雪的天山抵达伊宁东郊，刚刚下山就突然遭到大批联合暴动军的围攻，而这时另一只越境赶到的苏军也加入联合暴动军猛烈攻击国军被迫后退。艾林巴克守军见救援不成，而粮食弹药已经基本没有了，遂决定冒险突围，突围后残余2000军民又被联合暴动军骑兵在广袤的荒原上追击，很快就绝望的国军和民众就被追到了，战斗中预备第7师副师长杜德孚、预备第7师参谋长曹日灵战死，最后这批死守艾林巴克的军民仅有十分之一大约800多人生还，其余皆阵亡。
伊宁被联合暴动军攻克后，暴动军手持大刀四处搜杀汉人，其中东北籍汉人几乎无一人幸免，伊宁救济院的残废汉人都被拖到河边用木棒击毙。几十年后，还有一些极端分子威胁与之发生冲突的汉族人：“难道你忘记伊犁河水的颜色了吗？”这里说的伊犁河的颜色就是指当时虐杀俘虏和汉人将河水都染红了。
伊犁暴动取得初步胜利后，苏联于1944年11月27日，首先在伊宁设立了以符拉基米尔 格兹洛夫和符拉基米尔斯特潘诺夫为首的两个军事顾问团（代号为一号和二号房子），同时原内务人民委员部特务司司长叶格纳洛夫的行动小组，则坐镇阿拉木图，遥控指挥伊犁三区政府的一切活动，1945年5月，联共（布）中央政治局正式通过一项特别决议：为了巩固”东突厥斯坦共和国“的军队，向新疆派遣500名红军军官及2000名军士和列兵。
同时刚成立的东突厥斯坦共和国重新统一编制了联合暴动军，名为民族军，这是由苏联装备，训练，执导的部队，由阿列克山德洛夫，鲍里诺夫先后任总司令。
1945年2月开始，伊犁局势已经稳定下来，联合暴动军开始向北疆和南疆展开进攻。
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