1966年党中央“5.16通知”拉开了无产阶级文化大革命的序幕，这是一场史无前例的“革命” ，医院和全国一样投入到这场运动中去，运动初期，是以“社会主义育教”为前奏，职工在党委的统一布置下开展活动，学习、讨论有关文件、材料。随着运动的深入，毛泽东的“我的一张大字报”登出后，医院开始“大鸣、大放、大字报、大辩论的”四大活动，大字报铺天盖地的贴了出来，茅头指向医院领导，以批判医院“走资本主义道路”当权派为主线，一部分职工成了“红卫兵” ，组织了20余个群众组织，大家上街游行，在医院装高音喇叭广播，“扫四旧” 、批斗医院“走资派” ，后波及业务技术人员，部分同志被打成“反动学术权威” ，“集中学习”。造反派之间由于观点的分化，形成“P派”和“G派”而互相对立，形成群众斗群众，医院领导班子全部“靠边站” ，领导指挥瘫痪，医院处在无政府主义状态，医疗工作受到很大影响，此间合肥矿机厂“工宣队”进驻医院。1967年7月，医院对面民政厅的P派与医院北面工学院的Ｇ派在楼顶用枪互射，淮南造反派捉来30余名“俘虏”住进医院大礼堂，社会一片混乱，医院人心惶惶，这种武斗环境，医院已不能正常接收病人，部分同志自行陆续离院，但仍有一大部分同志坚守在工作岗位，直到7月19日一名叫江洪飞的群众被打死在医院大门口，留守职工才被迫全部撤离，动员住院病人全部出院，门诊停诊，医院关门。1967年8月驻皖6408部队“军宣队”进驻医院，号召职工回院上班，至1968年元月职工陆续回院，在“军宣队”的主持下由群众组织组成“大联委”掌权，原门诊部主任嘉龙同志被结合进“大联委” 。在“抓革命、促生产”的口号下，回复了医疗工作。经过这一场运动，医院正常秩序打乱、医疗质量下降、职工思想混乱、同志之间的良好关系被破坏，医院档案、病历资料、图书被毁或散失，部分医疗设备遭毁坏，规章制度更无从谈起，一场劫难毁掉了一个蒸蒸日上的医院。
1968年医院在“军宣队” 、“工宣队”和市卫生局的主持下，按照毛主席“6.26”指示，“把医疗卫生工作的重点放到农村去”的讲话精神，被“一锅端” ，将职工分批下放农村，全院医务职工和干部除少数分散在省内各地外，其余分四大块分别下放到淮北地区利辛、颖上、蒙城、阜南各县农村人民公社，首批职工于68年4月下放，部分医疗器械及物资随职工带走。医院损失达300余万元，“合肥市第一人民医院”宣告撤消。
1969年5月医院开始重建，定名“合肥市人民医院” ，成立由军代表参加的革命领导小组，由陈亮、罗源瑜（军代表）、李清川、张廷瑞、单业江、魏守忠、王桂金共7人组成，主持院务工作，下设政工、医务、后勤三大组，各组设组长一名副组长若干名。政工组张志杰、李友贵、张保祖，医务组黄志荣、魏守忠、顾龙华，后勤组单业江、王秀，（1973年将各组改为科）。开病床160张，仅设内、外两大科，内科含儿科、传染科，外科含妇产科。职工159人，技术及管理人员以合肥市第二人民医院调来的为主，市区各医院也调来一些同志。医院百业待兴。
1970年8月医院成立“人民医院革命委员会” ，主任由陈亮同志担任，罗源瑜、李清川同志担任副主任。下设革委会办公室，当年合肥市牙病防治所（口腔医院前身）并入医院门诊部。此时病床已达225张（包括简易病房20张），儿、妇科由内外科分出，单独建科，分别设床位40和44张。职工增至242人。1972年杨景同志出任革委会主任，陈亮同志改任党委书记。
1972年五官、骨科开诊，1973年重开了干部病房，内科中设置了中西医结合病房。随着床位扩大和医疗技术需求增加，根据合肥市对医疗卫生工作的重新规划，为改变医院百废待举、医疗技术力量不足的状况，市政府决定将医院部分下放职工调回，至1974年时，职工人数已达420人，床位扩大至343张。1974年牙病防治所从医院分出，成立单独机构。
1976年根据上级指示取消了革命委员会名称，恢复院长负责制，陈亮同志出任院长，设立院办公室、医务科、人事科、护理部、总务科、保健科、财务科等。这一时期后一阶段着力于逐步恢复、完善原先的医疗秩序、医疗技术和管理。由于一部分同志调回，医院技术力量得到充实和恢复，科室业务有所增加，加快了医院的建设速度。1976年恢复了中医科，但由于原先的绝大部分老中医已被分散到中医附院、安医附院及市级几所医院，已无法调回，中医“元气”大伤，与早先的中医科已不能同日而语。1976年同位素室正式成立，购买了同位素扫描机、肾图仪、自动定标仪等。手术室、检验、口腔、眼科等科添置万能手术床、高频电刀、心脏除颤器、血气分析仪以及眼用电磁吸铁器、牙科治疗机等设备。
文革后恢复发展期:（1977－1987）
