郭兰香在公安笔录中提到，她和哥哥去县检察院找了吴检察长，并说好最迟两天之内把李锦莲送到检察院；吴检察长说可以先到检察院，但还是要跟刑警大队一起联合办案；李锦莲担心回到刑警队又被打，仍说要她找她哥去和刑警队的人说不要打他。
11月12日，在村干部、郭兰香和女儿的陪同下，李锦莲到县检察院说明情况，当天下午被送到县公安局，当晚转移到盆珠乡派出所，12月初又被送回刑警大队。这段时间，家属一直不知道李锦莲被关在哪里，直到12月15日李锦莲被刑事拘留，移至看守所。
2011年和2018年的两次再审中，检方均指出，在监视居住期间将李锦莲主要控制在盘珠派出所、公安局刑警大队，二十多天连续审讯，不符合公安机关办理刑事案件程序规定。
在12月5日之前，李锦莲一直没认罪。12月5日第41次讯问时，李锦莲突然认罪；22日被宣布逮捕后，又全部翻供，称有罪供述是在“被打得受不了”的情形下作出的。
吕云告诉澎湃新闻记者，李锦莲认罪第二天，他去核对笔录时，李就翻供了。“我问他一个月都没有交代，昨天晚上为什么交代了，他说他们打了我。”
李锦莲至今还记得，在刑警大队的12天里，签了11份有罪供述、78张材料纸，故意把“莲”签成“连”。从卷宗看，有的一天有早中晚三份笔录、询问到凌晨三四点等。
针对李锦莲所述刑讯逼供情况，吉安中院一审判决认定：公诉人传遂川县公安局主办此案的侦查人员康某到庭作证，康证明，在审讯过程中没有刑讯逼供行为，李锦莲在庭审中承认康某没有对其刑讯逼供。
2005年律师朱中道对李锦莲在看守所的同监室人员田某、李某等人的调查笔录显示，李锦莲被送进看守所时，“脸色寡白，精神不振”，胸前和背上有明显的伤，可见红肿；双手手腕处有铐痕，左手被铐到变形，从肩胛骨处向后拐，不能正常伸展。李锦莲经常喊痛，多次哭。为了减轻他的痛苦，李某帮他接了左手骨骼，帮他贴膏药，用民间偏方“铁打水”每天帮他擦伤，上下午各一次，擦了一个多月。除了李春兰，看守所的张所长也帮他买过膏药。
田某听李锦莲说，他在公安机关里被“吊腊肉”，白天反手铐悬，晚上双手向前铐悬，铐一晚到天亮，不准睡觉；右耳被打坏了，听力下降。“除了被铐被打，还饿他的饭，断他的水，剥掉衣服冻他等等。”
李锦莲回忆，同监室的郭某曾在号子里“审”他，前后4次，还安排了“审判长”“书记员”。因不交待“罪行”，他在寒冬腊月遭受了“洗冷水澡”“过独木桥”等体罚。
最终，郭某等人的证言被作为原审认定李锦莲犯罪事实的七个依据之一。另六个依据中，有李锦莲7岁幼子李华的笔录，因询问地点在乡政府、询问时间长达两日，均违反了刑诉法规定，在后来的再审中被否决了。
2011年江西省高院第一次再审中，省检察院认为，现有证据不能证实公安机关有刑讯逼供、诱供等非法取证的行为，但公安机关在办案方式、方法和相关程序上有争议和不当之处。一审开庭时侦查员唐某到庭作证否认存在刑讯逼供，李锦莲当庭也肯定康某没有对他刑讯逼供，而由于参与侦查审讯的人员众多，不能排除其他侦查人员有刑讯逼供、诱供的行为。
第一次再审判决认定：吕云陈述他给李锦莲买了一瓶红花油，是由于当时李锦莲被脚镣铐伤，没有反映存在刑讯逼供情况；看守所同监室人员胡某、李某、田某所述情况都是听李锦莲诉说的，属于传来证据，没有其他证据补强，不能证实本案确实存在刑讯逼供的情形。侦查机关的情况说明也证明其他侦查人员不存在刑讯逼供情况。
2018年第二次再审，李锦莲及辩护人依旧提出其遭受严酷刑讯逼供、疲劳审讯、非法拘禁。但判决书上并未对此进行相关认定。这次李锦莲向省监察委提交的两份刑事控告书，主要是针对刑讯逼供的控告。
7月20日，李锦莲与女儿时隔多日回到家中，小路已被荒草淹没，屋旁荒草丛是老房子原址。
这些年，李春兰无数次假设过那些可以避免悲剧的环节：
如果当年是父亲去外面打工，是不是就可以避开这一劫？如果那天父亲不去喝满月酒，是不是就不会经过三岔路口？如果她的那封信写长一点，父亲在老师家多待5分钟，是不是就一点嫌疑也没有了？如果当时家里早点把自己叫回来，母亲是不是就不会死了？
她最后悔、遗憾，最无法释怀的是，当初没有把母亲的死因弄清楚就出殡了。她一门心思扑在父亲的案子上，很多事情想不到去问、去做，等回过神来，已经晚了。
陈春香之死
在遇到陈春香之前，李锦莲跟父亲较劲，一直不肯结婚。
他从小渴望走出山村，出人头地。他想读书，但读完小学，父亲就不让他读了。后来他想去当兵，父亲怕他一去不回，又从中阻挠。为了让他安定下来，父亲开始催他娶妻，他一直不理会，拖了好几年。
当时李锦莲在村里的碾米厂打铁，陈春香来碾过几次米，他看这个女孩长得漂亮，讲话斯文，“感觉很有教养”，跟其他女孩子不一样，便上了心。
1973年结婚时，李锦莲24岁，陈春香20岁。婚后生下李春兰和两个弟弟。
李锦莲与妻子合照。 澎湃新闻记者 张小莲 翻拍
在李锦莲眼里，妻子善良、贤惠、孝顺，“脾气相当好”。有次妻子去算八字，算出他有厄运，偷偷找了道士做法事、画符，希望保佑他一生平安。
